Nell'estate del 2000 firma le musiche di Tango, spettacolo teatrale di Francesca Zanni ispirato al dramma dei desaparecidos argentini. Ad ottobre pubblica Occhi da orientale - Il meglio di Daniele Silvestri, una raccolta che contiene anche tre inediti.
Intanto nasce il suo sito ufficiale ed i fans realizzano una web-radio che trasmette solo brani di Silvestri.
Nel 2002, torna al Festival di Sanremo con Salirò, si classifica quattordicesimo, ma ottiene un successo di pubblico strepitoso, anche grazie alla messa in scena di un esilarante balletto con l'attore Fabio Ferri. Anche stavolta vince il premio della Critica "Mia Martini" e successivamente si aggiudica ben quattro premi all'Italian Music Award per il miglior singolo, il miglior videoclip, il miglior arrangiamento e la miglior composizione musicale.
Seguono due singoli, Sempre di domenica e Il mio nemico, inclusi in Unò-duè, il suo sesto album.
Nel 2003 pubblica un libro, L'Autostrada, che descrive l'ultimo tour e la sua attività musicale attraverso foto, testi inediti e pagine di diario. Allegato al libro c'è anche un cd-rom che contiene 24 mp3 inediti e vari contributi video. Il 2003 è anche l'anno in cui vince il Premio Amnesty Italia con il brano Il mio nemico.
Nel 2004 esce il suo primo liveLivre trânsito, con l'inedito Kunta Kinte, co-firmato da Frankie HI-NRG MC, e le sue interpretazioni di due brani scritti in passato per altri interpreti: Il secondo da sinistra cantato da Mina nell'album Veleno del 2002 e la ghost-trackIl fiume e la nebbia scritta per Fiorella Mannoia e pubblicata nell'album Belle speranze del 1997. L'anno si conclude con un concerto a Maputo, in Mozambico, in favore della Campagna di solidarietà Roma-Maputo Andata e Ritorno.
Nel 2007 arriva quarto al Festival di Sanremo con il brano La paranza. Il 2 marzo segue l'uscita del suo ottavo album intitolato Il latitante.
Insieme al singolo Mi persi, la canzone fa parte della colonna sonora del film Notturno bus, con Valerio Mastandrea e Giovanna Mezzogiorno. Vince il David di Donatello per la miglior canzone originale. Il secondo singolo de Il latitante, intitolato Gino e l'Alfetta, è stato adottato come inno ufficiale del Gay Pride 2007 tenutosi a Roma. In seguito viene estratto A me ricordi il mare in collaborazione con Vincenzo Andrea "Il Bove" Leuzzi, cantante degli Otto Ohm.
Il 9 maggio 2008 esce Monetine, la sua prima vera raccolta, un doppio album con DVD che racconta quindici anni di musica con videoclip, 5 nuove versioni - Monetine, Dove sei, Idiota, L'uomo intero, La classifica - i due inediti Senza far rumore e Una giornata al mare di Paolo Conte, la prima cover a trovare spazio in un album di Silvestri, e la versione inedita de Il mondo stretto in una mano.il 12 novembre 2008 abbandona per un periodo il mondo della musica
Gli anni 2010
Ritorna il 29 marzo 2011 Daniele Silvestri pubblica per Sony Music S.C.O.T.C.H., il nuovo disco di inediti. Un disco fitto di collaborazioni tra cui quelle con Niccolò Fabi, Raiz, Diego Mancino, Stefano Bollani, Peppe Servillo e lo scrittore e sceneggiatore Andrea Camilleri. L'album è anticipato da due singoli, usciti contemporaneamente, Ma che discorsi e Monito®.
Nel giugno 2011 Silvestri diventa attore-marionetta per il suo nuovo videoclip: il musicista insieme all'attrice e anche sua compagna nella vita Lisa Lelli è infatti il protagonista del video di Ma che discorsi, con una tecnica molto originale che risale agli anni settanta, il pixelation. La clip è composta da più di 2500 foto scattate durante un percorso di circa 600 metri fatto con la fanta-auto. Inoltre nel 2011, il brano Liberi tutti in cui aveva collaborato con i Subsonica, viene scelto come fondo musicale per la campagna pubblicitaria Io voto. Il 23 dicembre 2011 in tutte le radio italiane, viene rilasciato il suo secondo singolo che si intitola Il Viaggio (pochi grammi di coraggio), che ha atmosfere e ritmi vagamente retrò. Quest'ultimo singolo è stato usato come colonna sonora del film Immaturi - il viaggio uscito il 4 gennaio 2012 in tutte le sale cinematografiche italiane.
Insieme a Gianluca Misiti scrive le musiche e i testi per il cartone animato e il musical che ne deriva Capitan Kuk .